作物秸稈、動物糞便加工有機肥通常由前處理、主發酵、后發酵、后處理、復配等工序組成。
1．前處理
主要任務是去除植物殘體中的泥塊、金屬、電池等非發酵異物，粉碎植物殘體，調節水分和C/N值。去除非發酵異物的原因：減少發酵倉容體積；去除金屬、電池等影響發酵的物質，減少重金屬污染機會；去除塑料繩等難粉碎物質，有利于后面粉碎、攪拌。粉碎調整植物殘體大小的原因：通常粉碎使原料水分一定程度地均勻化，增加物料的比表面積，增加物料與微生物接觸的面積，2高30解速度。理論上講物料越細越好，但為了保證物料一定的空隙度來通風獲得氧氣，一般2～30 mm范圍比較好。
2．主發酵
可在露天或者發酵裝置內進行，通過翻堆或者強制通風向堆積層或發酵裝置內供給氧氣。首先是易分解物質如糖、蛋白質等分解，產生C02和H20，同時產生熱量，使發酵溫度上升。發酵初期，物質的分解發酵作用是依靠中溫菌（30～40℃為*適宜生長溫度）進行的，隨著發酵溫度上升，*適宜溫度45～65℃的高溫菌取代了中溫菌，此時，各種病原菌、蟲卵和雜草種子被殺死。一般將溫度升高到開始降低為止的階段稱為主發酵階段，為3～10 d。
4．后處理
經過兩次發酵后的物料中，幾乎所有的有機物都變細碎和變形，數量減少，再次經過一道分選工序，去除塑料、玻璃、陶瓷、金屬、小石塊等雜物，并根據需要進行再次破碎。
5．脫臭
部分發酵物在結束發酵后有臭味，必須進行脫臭處理。方法主要有化學除臭劑除臭、堿水和水溶液過濾、活性炭、沸石、特種土壤等作為吸附劑過濾。
6．復配
根據產品配方需求和發酵后的物料養分含量，在發酵物料中添加尿素、磷肥、鉀肥生產有機無機復合肥，或者添加特定功能的微生物生產生物有機肥。
7．檢測、包裝、儲藏
檢測分析養分含量、腐熟程度、水分含量、重金屬含量、病原菌含量、有機質含量等指標是否達到產品要求。達到要求后進行稱量包裝，儲藏。
